При активации кондиционера принудительно включается вентилятор радиатора охлаждения двигателя, - его вы и можете услышать плюсом к шуму мотора. Если стуки появляются именно после включения вентилятора, нужно смотреть этот узел. Иногда вентилятор охлаждения вентилятора начинает прослушиваться и при возникновении дисбаланса лопастей, вызванного их загрязнением, - тогда лопасти нужно почистить.
Чтобы определиться, где стучит (кондиционер может и сам при отдельных неисправностях издавать нехарактерные звуки), нужно слушать шумы при открытом капоте, включая и выключая кондиционер.
На форуме есть отдельная тема про неисправности вентилятора охлаждения радиатора, - почитайте ее.